Seine Karriere als Footballspieler begann Jon Horton an der University of Arizona in Tucson, AZ (1983-1986). Nach dem College wurden neben den San Francisco 49ers (NFL) auch die British Columbia Lions (CFL) auf ihn aufmerksam. Als es in der NFL nicht klappte, spielte J. Horton zwei Jahre (1988-1990) für die Lions in Vancouver, ehe er 1991 zu den London Monarchs in die damalige World League wechselte (1991-1992).
1996 kam er dann zu den Lions nach Braunschweig und elektrisierte dort von Beginn an und in den folgenden vier Jahren die Fans mit seiner Spielweise. Über 300 Passfänge und mehr als 5.000 Yards Raumgewinn standen zum Ende seiner Zeit in Braunschweig zu Buche.
Dazu kommen 94 Touchdowns (564 Punkte), die ihn aktuell auf Platz vier der All-Time Scorer Liste der Lions führen und er hatte damit einen großen Anteil an den ersten drei Meistertiteln (1997, 1998, 1999) und dem Gewinn des Eurobowl (1999) der Lions.
Nach wie vor hält er diverse Rekorde, wie z.B. die meisten Passfänge in einer Saison (109) oder die meisten Yards Raumgewinn aus Passfängen (1951).
Nach seiner aktiven Zeit als Spieler war Jon Horton u.a. in den Niederlanden als Head Coach der Maastricht Wildcats und der Alphen Eagles aktiv, bevor er seit 2007 als Personal Trainer in den Niederlanden arbeitet und wohnt.